מועצת הצמחים הוקמה בשנת 2004 במהלך בו איחדו על פי חוק 4 מועצות : הירקות, הפירות, פרי ההדר והפרחים . מועצת הצמחים הינה מועצה סטטוטורית ומורכבת מרוב של מגדלים נבחרים ומנציגי ממשלה והציבור. לימים הוצא ענף הפרחים מהמועצה ולאחרונה צורף אליה בחקיקה ענף הזית.
המועצה פועלת במישורים הציבוריים והמקצועיים של ענף החקלאות כגורם מרכזי לצד משרד החקלאות וארגוני המגדלים.
חקלאות ישראל מורכבת מאלפי חקלאים קטנים יחסית, באזורי יצור מגוונים. בנסיבות אלה מהווה המועצה על 4 ענפיה מוקד לטיפול וקידום נושאי מקרו חשובים שהחקלאי הבודד אינו יכול להרימם ויש לעשותם באופן משותף ומרכזי כגון: פיתוח זנים ומחקר בסיסי, מו"מ על תנאי ביטוח נזקי טבע, פעולות לשמירת תנאי השיווק של פירות וירקות בהיותנו היחידים שהחוק מתיר לנו לפעול לויסות כמויות בשוק, ריכוז והפצת מידע שווקי ועוד.